小型噴霧干燥機目前面臨的主要問題有四大類：
一、粘壁現象成為*難題
    粘壁現象是妨礙噴霧干燥機正常操作的一個突出問題，富含動物油脂的食品物料往往會沉積在干燥室壁面上。隨著時間的流逝，這些食品物料會逐漸演變成為污染源，危害食品健康。粘壁現象的主要原因是噴霧干燥機的壁面溫度過高使得產品粘滯，因此將干燥室改成夾層結構，提高冷卻效率;采用振動器、氣錘等物體對粘壁物進行分離;通過塔壁旋氣片切向引入二次空氣冷卻塔壁;干燥室墻壁拋光底部常采用錐底降低物料停留可能性。
二、體積過大面臨放置難題
    體積過大面臨著放置區域的限制。隨著人們對食品生產條件的重視，不少食品企業都建造了三十萬級或十萬級的無塵凈化車間，但噴霧干燥機由于體積龐大，不能整體都放在潔凈區域，不少企業會選擇將收集物料的部分放在潔凈區，其余部位在別處放置。面對這種情況，需要噴霧干燥設備系統提高密閉性能，防止外部環境污染 。
三、物料控制可向智能化轉變
    噴霧干燥機在作業時需要成品的顆粒大小分布、殘留水份含量、堆積密度和顆粒形狀符合精確的標準，制作出來的顆粒才能得到理想效果。以堆積密度為例，在噴霧干燥過程中，堆密度是食品的重要特性之一，在操作過程中每種措施都要確保達到好的堆密度。影響堆密度有粉料溫濕度、進料溫度、粒度分布、吸入干燥空氣溫度、產品排出溫度、空氣接觸方式、 噴霧器型式及在噴霧干燥器中所設置的位置等有關。
四、環保節能問題解決是當務之急
    噴霧干燥雖然在生產過程中沒有粉塵困擾，但在產品出產口容易產生粉塵。另外噴霧干燥設備的熱效率應用率低是不爭的事實，一般進料口溫度在150℃～250℃左右是，霧化干燥后出口溫度在60℃～100℃，可見還有大半的熱能沒有被利用起來。